当一个神秘人物开始以国家炼金术士为目标，指责他们犯下亵渎上帝的罪行时，炼金术士爱德华·艾尔利克和他的兄弟阿尔冯斯正处于最脆弱的时刻，与此同时，人造人开始再次显露出自己的真面目。